自2012年7月1日起，对以购进农产品为原料生产销售液体乳及乳制品、酒及酒精、植物油的增值税一般纳税人，纳入农产品增值税进项税额核定扣除试点范围，不再凭增值税扣税凭证抵扣增值税进项税额。此项政策加强了农产品增值税进项税额抵扣管理，但税务机关的监管责任依然重大。笔者认为，在实施核定扣除政策时应注意以下问题：
一是要核实企业当期购进的农产品的进项税款，特别是取得增值税专用发票的农产品的进项税是否准确核算并从当期全部进项税额中转出。同时，注意核实企业销售免税的副产品(例如植物油生产企业生产的副产品豆粕)进项税额是否按规定进项税额作转出处理。
二是企业按照投入产出法核定农产品进项税额，其公式是由当期销售货物数量计算得出当期农产品耗用数量，再由当期农产品耗用数量计算得出允许抵扣农产品增值税进项税额，而公式中当期销售货物数量是不含采购除农产品以外的半成品生产的货物数量，也就是说用外购的半成品生产的货物销售时是按其购进时取得的增值税专用发票抵扣进项税的，而不是用核定扣除办法计算抵扣进项税的，所以应核实企业是否能够分别准确核算销售的货物是来源于自产半成品还是外购半成品。
三是要核实企业是否准确核算副产品的销售额并计提销项税，并通过副产品与主产品的比例关系测算企业实际生产及销售主产品的数量。
四是企业按照投入产出法核定农产品进项税额，其当期销售货物数量只能是主产品的数量，而不含副产品的数量，以免重复计算抵扣农产品增值税进项税额。