【基本案情】 某食品生产企业（以下称甲公司或甲方）与某淀粉生产企业（以下称乙公司或乙方）签订购销合同四笔，合同总价1340万元。乙公司依约向甲公司发货，并开具增值税专用发票，甲公司依法抵扣进项税。

国税稽查局检查发现，乙公司存在虚开农产品收购发票和购买增值税专用发票的行为，认定多抵扣增值税进项税额712万元，并进一步检查乙公司的销售行为，发现乙公司的客户有两类，一类是公司制企业，均为增值税一般纳税人，销售业务均开具增值税专用发票，如实申报销项税额；另一类是个体经营的食品店，均为小规模纳税人，采取现金交易，进货不索取增值税发票。乙公司将这部分不需要开具增值税发票的业务暂不作账务处理，取得的现金不入账，并通过与需要购买增值税专用发票的增值税一般纳税人企业签订虚假的销售合同，通过银行转账收取价款，确认主营业务收入，计提销项税额。乙公司按照开票额的10%收取开票费，剩余90%用账外现金退还给买票方，买票方作小金库处理。买票方按照取得的增值税专用发票申报抵扣进项税，同时通过虚假的材料领用单，将虚增的原材料成本计入生产成本，偷逃企业所得税。乙公司取得的开票费收入全部由乙公司个人股东私分，买票方从乙公司收回的90%的现金，用于买票方账外支付企业管理人员奖金。

国税稽查局怀疑甲公司向乙公司购买增值税专用发票，通过甲方税务稽查局协查“甲公司涉嫌善意取得虚开增值税专用发票”，甲方稽查局经调查核实后，给甲公司下达补税通知书：“根据乙方稽查局协查函中“乙公司大部分进项发票是通过虚开农产品收购发票和外购等非法渠道取得”及甲乙双方购销业务真实存在之事实，《国家税务总局关于纳税人善意取得虚开的增值税专用发票处理问题的通知》（国税发[2000]187号）等文件规定，对你单位善意取得虚开增值税专用发票的行为不予处罚，已抵扣进项税额194.7万元必须全额转出，同时依据《国家税务总局关于印发的通知》（国税发〔2009〕114号）、《国家税务总局关于外商投资企业和外国企业通过虚开增值税专用发票购进的货物所得税处理问题的批复》（国税函[2003]112号）规定，你司未按规定取得合法有效凭据，须调增应纳税所得额1340万元。 甲公司接到国税局的补税通知后，立即缴纳该笔税款，并未提出异议和采取任何救济措施。与此同时，根据甲乙双方的合同约定，甲方尚欠乙方200万元货款，因乙方相关人员被刑案判决，该笔货款一直未予支付。乙方要求甲方履行合同义务，支付所欠货款，甲方认为，乙方的违法行为是造成甲方补缴税款的根本原因，已经给甲方造成近200万元的经济损失，因此甲方无需继续履行合同义务。乙方为追回货款，对甲方提起诉讼。

【案例解析】 1.甲公司获得增值税专用发票是真实有效的，不属于善意取得虚开的增值税专用发票。 甲方国税机关对甲公司的补税决定的基础是甲公司取得增值税专用发票的行为属于善意取得。但事实上，甲公司并不符合国税发[2000]187号等文件所规定的善意取得的构成要件。

国税发[2000]187号文件规定的善意取得的情形是：购货方与销售方存在真实的交易，销售方使用的是其所在省（自治区、直辖市和计划单列市）的专用发票，专用发票注明的销售方名称、印章、货物数量、金额及税额等全部内容与实际相符，且没有证据表明购货方知道销售方提供的专用发票是以非法手段获得的，对购货方不以偷税或者骗取出口退税论处。但应按有关规定不予抵扣进项税款或者不予出口退税；购货方已经抵扣的进项税款或者取得的出口退税，应依法追缴。

由此可知，虚开的增值税票善意取得是以“销售方提供的专用发票是以非法手段获得”为前提。但本案中，甲公司与乙公司之间交易的“资金流、货物流、发票流”三方面没有任何瑕疵，交易客观存在、发票真实有效。乙公司虚开农产品收购发票或购买增值税发票并不影响其据实开具的增值税发票的效力。甲公司取得该专用发票可以作为进项税款进行抵扣，符合税法规定。

据此，甲方国税机关作出的善意取得认定是不当的，补税决定也因此缺乏法律依据。按照《最高人民法院关于执行〈中华人民共和国行政诉讼法〉若干问题的解释》第五十七条第二款规定，该补税决定应当确认为违法或者无效。 2.甲乙之间的民事合同仍合法有效。 本案中，甲公司与乙公司之间存在合法有效的供货（采购）合同。根据供货合同中约定的双方权利义务，供应商（乙公司）已经完全履行其义务，并未违约。其原因在于：第一，供应商（乙公司）已经依照合同约定提供货物；第二，供应商（乙公司）已向甲公司开具了合法票据。据此，甲公司也应相应的履行支付货款的义务。

法律关系上，甲公司和税务机关之间存在涉税行政纠纷，甲公司和乙公司之间存在民事合同纠纷，两种争议涉及的法律关系是相对独立的，并不存在直接的关联性。尽管甲方国税机关的违法行政行为导致甲公司的经济利益受损，但供应商（乙公司）本身的违法犯罪行为与甲方国税机关的违法行政行为之间并无因果关系。该涉税行政纠纷的发生并不能否定甲公司与供应商（乙公司）之间的民事合同有效性。

3.甲公司法律救济诉讼时效已过。 根据《中华人民共和国行政复议法》第九条，公民、法人或者其他组织认为具体行政行为侵犯其合法权益的，可以自知道该具体行政行为之日起六十日内提出行政复议申请。《中华人民共和国行政诉讼法》第三十九条规定，公民、法人或者其他组织直接向人民法院提起诉讼的，应当在知道作出具体行政行为之日起三个月内提出。甲公司在国税机关作出补税决定后并未寻求救济程序，截止目前，针对该决定可提起的行政复议或诉讼时效已过。

尽管甲公司税收法律救济诉讼时效已过，但仍可以采取税务机关内部纠正程序。国家税务总局于2005年颁布了《全国税务机关信访工作规则》（国税发[2005]63号），其中第三十三条对信访事项有权处理的税务机关经调查核实，对于请求事实清楚，符合法律、法规、规章或者其他有关规定的，予以支持。同时有权处理的税务机关依照请求作出支持信访请求意见，督促有关机关或者单位执行。

国税发[2005]63号第三十二条规定：“对信访事项有权处理的税务机关办理信访事项，应当听取信访人陈述事实和理由；必要时可以要求信访人、有关组织和人员说明情况；需要进一步核实有关情况的、可以向其他组织和人员调查。”

甲公司经过与税务机关深入沟通，进一步提供购销合同、运输单据、汇款单据、原材料验收入库手续等证据，最终税务机关认定乙公司向甲公司开具增值税专用发票行为合法，对乙公司不作进项税转出处理，亦不作所得税纳税调整处理，并据《中华人民共和国税收征收管理法》第五十一条“纳税人超过应纳税额缴纳的税款，税务机关发现后应当立即退还；纳税人自结算缴纳税款之日起三年内发现的，可以向税务机关要求退还多缴的税款并加算银行同期存款利息，税务机关及时查实后应当立即退还”之规定，依据法定程序办理了税款退还手续。【案例点评】 1.由于部分企业进销不入账，农产品收购发票由采购方自行开具，以及个人消费、个体工商户进货不索取发票等原因给少数增值税一般纳税人买卖增值税专用发票带来机会，实务中类似案件屡见不鲜。税务检查时应谨慎区分具体环节和相关主体的税收义务及法律责任。

《国家税务总局关于纳税人对外开具增值税专用发票有关问题的公告》（国家税务总局公告2014年第39号）已明确规定，纳税人通过虚增增值税进项税额偷逃税款，但对外开具增值税专用发票同时符合以下情形的，不属于对外虚开增值税专用发票：“（1）纳税人向受票方纳税人销售了货物，或者提供了增值税应税劳务、应税服务；（2）纳税人向受票方纳税人收取了所销售货物、所提供应税劳务或者应税服务的款项，或者取得了索取销售款项的凭据；（3）纳税人按规定向受票方纳税人开具的增值税专用发票相关内容，与所销售货物、所提供应税劳务或者应税服务相符，且该增值税专用发票是纳税人合法取得、并以自己名义开具的。受票方纳税人取得的符合上述情形的增值税专用发票，可以作为增值税扣税凭证抵扣进项税额。” 此外，《国家税务总局关于纳税人虚开增值税专用发票征补税款问题的公告》（国家税务总局公告2012年第33号）规定，为避免重复缴纳增值税，凡纳税人已就其虚开金额申报并缴纳增值税的，不再按照其虚开金额补缴增值税。税务机关对纳税人虚开增值税专用发票的行为，应按《中华人民共和国税收征收管理办法》及《中华人民共和国发票管理办法》的有关规定给予处罚。原《国家税务总局关于加强增值税征收管理若干问题的通知》（国税发〔1995〕192号）第二条和《国家税务总局对代开、虚开增值税专用发票征补税款问题的批复》（国税函发〔1995〕415号）相应废止。

2.通过购买增值税专用发票虚列成本套取现金的行为，不仅偷逃了增值税，还同时偷逃了企业所得税和个人所得税，税务机关应从企业投入产出指标、经营常规等方面加强企业账簿凭证管理，从根本上解决企业会计信息的真实性，从源头上杜绝企业买卖发票的机会。