农业合作社销售自己合作社成员用自己种的小麦加工的面粉给食品加工企业，开具的是普通发票，食品加工企业能否计算抵扣？
1、《中华人民共和国增值税暂行条例》：
    第八条 购进农产品，除取得增值税专用发票或者海关进口增值税专用缴款书外，按农产品收购发票或者销售发票上注明的农产品买价和13%的扣除率计算的进项税额。
2、财政部、国家税务总局关于部分货物适用增值税低税率和简易办法征收增值税政策的通知（财税[2009]9号）
农产品，是指种植业、养殖业、林业、牧业、水产业生产的各种植物、动物的初级产品。具体征税范围暂继续按照《财政部国家税务总局关于印发〈农业产品征税范围注释〉的通知》（财税字[1995]52号）及现行相关规定执行。
3、《财政部国家税务总局关于印发〈农业产品征税范围注释〉的通知》（财税字[1995]52号）
农业产品是指种植业、养殖业、林业、牧业、水产业生产的各种植物、动物的初级产品。农业产品的征税范围包括：
（一）粮食
粮食是指各种主食食科植物果实的总称。本货物的征税范围包括小麦、稻谷、玉米、高梁、谷子和其他杂粮（如：大麦、燕麦等），以及经碾磨、脱壳等工艺加工后的粮食（如：面粉，米，玉米面、渣等）。

结论一：面粉是农产品

4、《中华人民共和国农民专业合作社法》：2007年施行。农民专业合作社以其成员为主要服务对象，提供农业生产资料的购买，农产品的销售、加工、运输、贮藏以及与农业生产经营有关的技术、信息等服务。
《关于农民专业合作社有关税收政策的通知》财税[2008]81号：经国务院批准，
（1）对农民专业合作社销售本社成员生产的农业产品，视同农业生产者销售自产农业产品免征增值税。 
（2）增值税一般纳税人从农民专业合作社购进的免税农业产品，可按13%的扣除率计算抵扣增值税进项税额。 

结论二：购进并加工、销售社员的农产品，是农民专业合作社的合法业务。

5、《中华人民共和国增值税暂行条例》：第十五条　下列项目免征增值税:
（一）农业生产者销售的自产农产品；
中华人民共和国增值税暂行条例实施细则：
第三十五条 条例第十五条规定的部分免税项目的范围，限定如下:
(一)第一款第(一)项所称农业，是指种植业、养殖业、林业、牧业、水产业。
农业生产者，包括从事农业生产的单位和个人。
农产品，是指初级农产品，具体范围由财政部、国家税务总局确定。【财税字[1995]52号、财税[2009]9号】

《财政部国家税务总局关于印发〈农业产品征税范围注释〉的通知》（财税字[1995]52号）：
“农业生产者销售的自产农业产品”，是指直接从事植物的种植、收割和动物的饲养、捕捞的单位和个人销售的注释所列的自产农业产品；对上述单位和个人销售的外购的农业产品，以及单位和个人外购农业产品生产、加工后销售的仍然属于注释所列的农业产品，不属于免税的范围，应当按照规定税率征收增值税。


结论三：农民专业合作社收购社员小麦，并加工成面粉出售。是否免税，关键看怎么理解“外购”。
如果看成外购，则不属于免税范围；如果看成自产，则免税。


6、对“外购”怎么理解处理，各地可能政策各异。
大家参考下浙江省的政策——注意这不是浙江省国税局的政策，是浙江省人大常委会制定的地方性法规
《浙江省农民专业合作社条例》：2005年施行。合作社销售社员生产和初加工农产品，视同农户自产自销。合作社销售非社员农产品不超过合作社社员自产农产品总额部分，视同农户自产自销。
《浙江省农民专业合作社条例》比《中华人民共和国农民专业合作社法》早两年制定并执行。
浙江省国税局一直执行农民专业合作社收购、加工社员原料免税的政策。至于其他省区，是否适用自产农产品免税，要看各地国税局执行口径。

结论四：没有明确规定合作社收购社员农产品加工后出售的农产品属于“免税农产品”，只能按适用税率交税。


7、《中华人民共和国增值税暂行条例》：

第八条 下列进项税额准予从销项税额中抵扣：

（三）购进农产品，除取得增值税专用发票或者海关进口增值税专用缴款书外，按农产品收购发票或者销售发票上注明的农产品买价和13%的扣除率计算的进项税额。

关于免征部分鲜活肉蛋产品流通环节增值税政策的通知（财税[2012]75号）：《中华人民共和国增值税暂行条例》第八条所列准予从销项税额中扣除的进项税额的第（三）项所称的“销售发票”，是指小规模纳税人销售农产品依照3%征收率按简易办法计算缴纳增值税而自行开具或委托税务机关代开的普通发票。

建议规避风险：
方案一：
1、健全财务核算，登记为增值税一般纳税人，分别核算免税项目和应税项目。
2、收购社员小麦，开具农产品收购发票，按13%扣除率计算抵扣。
3、加工出售面粉，开具增值税专用发票13%，供食品加工企业抵扣。
合作社财务核算成本比较高啊。
方案二：
1、小规模纳税人
2、加工产品按3%计算缴纳增值税，开具普通发票或代开普通发票
3、购货方按照按照13%扣除率计算抵扣