目前官方对“失控发票”的定义尚付之阙如，因此各地税务机关认定“失控发票”的标准不尽相同。有的税务机关处于风险防范的考虑，将走逃企业或逾期未申报企业开具的全部增值税专用发票都定性为失控，导致“失控发票”数量过多，产生了大量无效的协查工作。
根据增值税专用发票交叉稽核比对机制，开票方抄报税信息需要与受票方认证抵扣信息交叉稽核比对。如果防伪税控系统中有开票方的抄报税信息，无论对应发票记账联和抵扣联是否比对一致，都受到税务机关的控制，不属于“失控发票”。因此笔者认为“失控发票”仅指游离于防伪税控系统控制之外的增值税专用发票，与发票是否已开具、纳税人是否无法联系无必然联系。
产生“失控发票”的主要原因包括：1.纳税人逾期未抄报开票数据和申报纳税；2.纳税人丢失增值税专用发票，导致抄报信息不包含丢失发票的号段；3.纳税人丢失防伪税控抄报税介质，如税控卡、税控盘，导致无法抄报；4.纳税人走逃而不抄报开票信息。
纳税人在购买增值税专用发票时，税务机关需要在防伪税控系统中“验旧供新”，即先将已开票信息读入防伪税控系统，再向纳税人出售发票。这一机制保障了纳税人最后一次购票之前开具的所有发票的开票数据都已读入防伪税控系统。因此除非税务机关人员在未完成验旧的情况下就出售了新的发票，否则单户纳税人产生的“失控发票”份数不应超过其最后一次领购发票的份数。
在认定“失控发票”时，税务机关可以建立两项机制：1.将纳税人最后一次领购发票的号段与已按期抄报发票的号段进行比对，前者多于后者的部分即为失控。2.如果纳税人日后补充抄报了“失控发票”信息，则税务机关应立即对这部分发票恢复为正常状态。通过运行上述工作机制，税务机关可以有效减少认定失控发票标准过宽，失控发票数量过多的问题，进而减少因此造成的无效率协查工作和缓解纳税人因取得失控发票而无法抵扣进项税额的征纳矛盾。
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