为解决化肥恢复征收增值税以前库存化肥的增值税问题，财政部、国家税务总局日前发布《关于对化肥恢复征收增值税政策的补充通知》（财税〔2015〕97号），决定自2015年9月1日起至2016年6月30日，对增值税一般纳税人销售的库存化肥，允许选择按照简易计税方法依照3%征收率征收增值税。 
 
通知指出，所称的库存化肥，是指纳税人2015年8月31日前生产或购进的尚未销售的化肥。 
 
此外，通知规定，出口的库存化肥适用上述规定。通知称，化肥属于取消出口退（免）税的货物，仍按照《财政部国家税务总局关于出口货物劳务增值税和消费税政策的通知》（财税〔2012〕39号）规定，其出口视同内销征收增值税。出口日期，以出口货物报关单（出口退税专用）上注明的出口日期为准。 
 
通知还强调，纳税人应当单独核算库存化肥的销售额，未单独核算的，不得适用简易计税方法。《财政部国家税务总局关于农民专业合作社有关税收政策的通知》（财税〔2008〕81号）第三条关于“化肥”的规定自2015年9月1日起停止执行。 
 
此前，两部门曾发通知称，自2015年9月1日起，对纳税人销售和进口化肥统一按13%税率征收国内环节和进口环节增值税，钾肥增值税先征后返政策同时停止执行。